Естественно-научная коллекция включает в себя около 150 предметов, среди которых образцы ископаемых животных и растений Подмосковья, а также чучела животных и птиц, характерных для территории южного Подмосковья. Среди них есть также редкие виды и виды, находящиеся в Красной книге России и Московской области.

Коллекция техники - это более 470 предметов, среди которых часы, телевизоры, радиоприемники, транзисторы, зарядные устройства,  проигрыватели, машинки швейные, пишущие и другие предметы.

Минералогическая коллекция музея насчитывает 10 предметов горных пород и минералов.

Печатная продукция в фондах Ступинского музея насчитывает порядка 4000 предметов. Среди этих предметов книги, топографические карты, атласы, ноты, календари, художественные и иные альбомы, открытки почтовые и художественные, марки, спичечные этикетки. 

Фотографии и негативы в коллекции музея составляют более 5500 экземпляров. Это изображения городских видов, персональные и мемориальные фотографии, фотографии общественных организаций и учреждений города Ступино. 

Документы составляют немалую часть коллекции Ступинского музея, а именно более 4000 предметов. Среди них документы из архива усадьбы «Отрада» в с. Семеновское конца XVIII – начала XX века, документы колхозников СССР, первостроителей города Ступино, ветеранов Великой Отечественной войны, в том числе благодарности, почетные грамоты, фронтовые письма и открытки, документы о строительстве города, о производственной и административной деятельности учреждений города и района, о почетных гражданах города, альбомы с документальными источниками, музыкальные пластинки.

Коллекция предметов прикладного искусства, быта и этнографии насчитывает около 2800 экземпляров. В составе коллекции орудия труда крестьян, предметы крестьянского быта и городского сословия России конца XIX – начала XX веков, предметы быта из имения графов Орловых в усадьбе "Отрада" в с. Семеновское, фарфор и фаянс конца XIX – XX веков, керосиновые лампы конца XIX – начала XX веков, мебель XIX века – 50-х годов XX века, рояли конца XIX – начала XX века. Кроме того, в коллекции есть сувениры, игрушки, самовары, столовые приборы, изразцы, печные заслонки, предметы одежды, в том числе народной.

Предметов скульптуры в фондах Ступинского музея - более 120 предметов. Это бюсты Героев Социалистического труда, Героев Советского Союза, полных кавалеров ордена Славы, а также предметы малой пластики, среди которых бюсты вождей СССР и статуэтки производства СССР.

Археологическая коллекция насчитывает порядка 1800 предметов, среди которых кремнёвые орудия IX-VI тысячелетия до н.э., обломки керамической посуды, орудия труда, предметы быта и украшения со времен неолита до позднего Средневековья, наконечники древнерусских стрел, предметы религиозного культа.

Коллекция графики Ступинского музея насчитывает около 50 предметов - это рисунки, акварели, гуашь ступинских художников, рисунки  народного художника В.Н. Керенского и заслуженного художника РСФСР Д.В. Горлова, работы учеников студии Л.П. Крымова.