Строительство молодого города Ступино было приостановлено началом войны 1941-1945 гг. Этой теме была посвящена и первая выставка Ступинского музея «Ступинцы - участники Великой Отечественной войны», открытая 25 апреля 1985 года. Эта выставка заложила основу для будущей экспозиции. В формате тематических выставок в музее в разные годы освещались разные аспекты войны: военные профессии, ключевые битвы, боевые подвиги ступинцев. И всегда особое внимание в экспозиции уделялось Битве за Москву в ноябре-декабре 1941 года.

События осени 1941 года, когда враг стоял на подступах к Ступино, сопровождаются в экспозиции подлинными документами, фотографиями, письмами, воинской амуницией и снаряжением, фрагментами военной техники, личными вещами и наградами участников Великой Отечественной войны. В 2010 году проект «100 дней до Победы» наш музей представил на международном музейном форуме «Интермузей». А в 2015 году, к 70-летию Победы, в музее открылась экспозиция «Дороги войны - дороги Победы: страницы биографий из жизни солдат Великой Отечественной войны».

В 2020-ом, в год празднования 75-летия Великой Победы, была торжественно открыта обновленная экспозиция «Военные подвиги ступинцев. История Великой Победы». При поддержке ГИВЦ Минкультуры России экспозиция была дополнена различными элементами мультимедиа и электронными этикетками. Многие экспонаты, кропотливо собираемые фондом музея многие годы, впервые заняли свое место в новой экспозиции. Предметы, свидетели войны, особенно ценны тем, что имеют мемориальный характер и связаны с судьбами наших земляков: защитников Москвы, освободителей Европы и героев трудового фронта.