Новое здание хлебозавода было построено в конце 1940 года взамен одноэтажной пекарни, которая уже не соответствовала запросам быстро растущего населения города Ступино. В первом полугодии 1941 года, перед началом войны, здесь был выпущен первый хлеб. Это современное по тем меркам предприятие, рассчитанное на 40 тонн хлебобулочных изделий в сутки, все еще использовало большую долю ручного труда. Выгрузка муки и подача ее в тестомесильное отделение, формование хлеба, загрузка форм в печь, выгрузка хлеба и погрузка его в вагонетки для отправки заказчику - все это делалось вручную.

Великая Отечественная война прервала нормальную работу хлебозавода - изменился режим работы предприятия, а его ассортимент сократился до черного хлеба и сухарей. Иногда на заводе производили белый хлеб в небольших количествах.

В сентябре 1941 года прекратилось поступление муки с Украины и Поволжья. А мельница соседнего города Каширы вырабатывала только ржаную обойную муку низкого качества, и та шла, в основном, на нужды каширской пекарни. Впоследствии, чтобы не остаться без сырья, на ступинском хлебозаводе для размола пшеницы и ржи, выращенных в Подмосковье и на Урале, пустили свою мельницу с двумя каменными жерновами.

Со временем состав хлеба менялся. В целях экономии ресурсов в рецептуре хлеба появились картофель, ячмень, овсяная и кукурузная мука. Это усложняло работу и отражалось на качестве выпускаемой продукции. Документы того времени сохранили описание такого хлеба: "Хлеб сыропёклый, с повышенной влажностью (35 %), не заглаживается, деформированный, а также попадают посторонние включения, кат то: целые картофелины и другие предметы".  По специальному рецепту хлебозавод готовил для фронта ежемесячно 5 тонн сухарей.

Осенью 1941 года, когда немецкая армия стояла под Каширой, Ступинский хлебозавод бесперебойно обеспечивал хлебом части Красной Армии под командованием генерала П.А. Белова, которые прибыли сюда для отражения врага. В это тяжелое время директор хлебозавода Г.А. Елисеев, мастер-инструктор В.С. Груция и рабочие-слесари на случай аварийного положения при бомбежке находились на казарменном положении. Для защиты хлебозавода от воздушных налетов на его крыше была установлена зенитная пушка.

В годы войны на хлебозаводе трудились, в основном, женщины и подростки, заменяя ушедших на фронт мужчин. После 12-часовой смены на производстве, они выгружали из вагонов мешки с зерном и солью, а также рубили и заготавливали дрова в лесу, по 4 кубометра на двоих человек. Эти дрова вывозились из леса на лошадях. Никаких льгот работникам хлебозавода не полагалось, все работали за кусок хлеба - 400 грамм в сутки.